Lut Lynen a obtenu son diplôme de médecin en 1985 à l’Université Catholique de Louvain. Entre 1986 et 1992, elle a travaillé pour Médecins Sans Frontières (MSF) Belgique au Tchad, au Soudan et en Guinée. En 1997, elle est devenue spécialiste en médecine interne à l’Université d’Anvers.

Elle a travaillé pour l’Institut de Médecine Tropicale (IMT) au Cambodge de 1999 à 2002, et en 2003, elle a rejoint l’équipe VIH de l’MT. Son domaine d’intérêt porte sur le VIH et la tuberculose, avec un accent particulier sur les environnements à ressources limitées. Elle a été membre du groupe de développement des directives de l’OMS sur les infections opportunistes et a rédigé les lignes directrices de soins du SIDA pour MSF.

En juillet 2011, elle est devenue cheffe du Département des sciences cliniques et, en novembre 2011, cheffe de l’Unité VIH & TB. Cette unité compte actuellement 10 doctorants et deux chercheurs postdoctoraux.

En 2020, elle est devenue directrice scientifique du bureau de l’IMT en République Démocratique du Congo (RDC) à Kinshasa, tout en conservant son poste de cheffe d’unité à Anvers.

En 2023, elle est retournée à Anvers pour occuper le poste de directrice de l’IMT.